Die Gründung des Ordens der Minderen Brüder Kapuziner, ursprünglich Minderbrüder vom eremitischen Leben genannt, geht auf Reformbestrebungen innerhalb der franziskanischen Orden zurück. Getragen von der Frage, was es heißt, gemäß den Idealen des heiligen Franz von Assisi (1181/82-1226) die Nachfolge Jesu zu leben, entstand mit dem Franziskanerobservanten Mateo de Bascio (1495-…1552) diese Bewegung, deren offizielle Anerkennung durch Papst Clemens VII. (1478-…1534) mit der Bulle Religionis zelus am 3. Juli 1528 erfolgte. Papst Gregor XIII. (1502-…1585) hob 1574 mit Breve die Beschränkung auf, dass sich die Kapuziner nicht über Italien hinaus ausbreiten dürfen.
Das Generalkapitel des Jahres 1599 beschloss Brüder nach Prag zu senden. Laurentius von Brindisi (1559-1619) brach im Sommer von Venedig aus mit zwölf Gefährten auf. Am 28. August 1599 kamen sie in Wien an und am 8. No­vember 1599 reiste Laurentius mit sechs Brüdern nach Prag. Die übrigen Brüder blieben in Wien. Ende Juli 1600 weilte Laurentius in Graz. In kurzer Folge kam es zur Gründung der Klöster Wien St. Ulrich, Prag und Graz, und zur Errichtung des Österreichisch-Böhmisch-Steirischen Kommissariates. Bereits 1608 kam es zur Teilung in ein Österrei­chisch-Böhmisches und in ein Steirisches Kommissariat.
1618 wurde das Österreichisch-Böhmische Kommissariat zur Provinz erhoben. 1673 erfolgte die Teilung in eine Böhmische Provinz und eine Österreichische Provinz, welche später Österreich-Ungarische Provinz genannt wurde. Diese Provinz wuchs stetig, und 1782 gehörten zu ihr 37 Klöster und 1237 Brüder. Durch die staatliche Aufhebungswelle unter der Regierung von Kaiser Joseph II. (1741-1790) wurden 22 Niederlassungen geschlos­sen und der Personalstand drastisch gesenkt sowie die Aufnahme von Novizen für Jahre verboten. Zwei Klöster wurden aus Personalmangel noch aufgehoben, und die Provinz konnte sich nicht mehr richtig erholen.
Nach dem Ersten Weltkrieg bedingten die neuen Staatsgrenzen auch eine Neuregelung der Provinzen: 1921 wurden die Österreichisch-Ungarische und die Steirische Provinz aufgehoben und die Wiener Provinz gegrün­det. Diese umfasste die auf österreichischem Staatsgebiet liegenden Klöster der Steirischen Provinz sowie die Klöster der Österreichisch-Ungarischen Provinz, insgesamt 22 Niederlassungen mit 212 Brüdern. Die beiden slowakischen Klöster wurden 1923 direkt dem Generalminister unterstellt, die ungarischen Klöster bildeten ab 1934 ein eigenes Kommissariat. Die Wiener Provinz gründete ein Kleines Seminar und eine eigene Philoso-phisch-Theologische Hauslehranstalt, übernahm eine neue Niederlassung und hatte 1937 15 Niederlassungen mit 174 Brüdern.
In der Zeit des Nationalsozialismus wurden die meisten Klöster enteignet bzw. beschlagnahmt. Die jüngeren Brüder wurden zur Wehrmacht eingezogen, viele davon sind gefallen, und einige kehrten nach den schrecklichen Kriegserlebnissen nicht mehr in den Orden zurück.
1945 versuchte man einen Neuanfang. Die Häuser wurden zurückgegeben und konnten wieder besetzt werden, die Anzahl der Brüder nahm jedoch weiter ab. Ab 1958 wurden die Postulanten in das Noviziat der Bayerischen Provinz geschickt und im selben Jahr die Hauslehranstalt Scheibbs geschlossen. Die Kleriker erhielten ihre Aus­bildung an der Hauslehranstalt der Nordtiroler Provinz in Innsbruck. Von 1968 – 1998 wurden 6 Niederlassun­gen aufgehoben. Brüder aus der Südtiroler und der Schweizer Provinz kamen zu Hilfe, jedoch in abnehmendem Maße.
Eine besondere Zusammenarbeit entwickelte sich mit der Krakauer Provinz, die zuerst einzelne Brüder in die Wiener Provinz entsandte und im Lauf der Zeit – personell, nicht rechtlich – mehrere Klöster übernahm. In ei­nem Schreiben vom 4. Oktober 1996 ordnete der Generalminister die Integration der Krakauer Brüder mit 1. September 1997 an. Vom 29. September bis zum 2. Oktober 1997 tagte unter dem Vorsitz des Generaldefinitors Br. Paul Hinder (1942-) und in Anwesenheit des Generalministers Br. John Corriveau (1941-) ein außerordentliches Provinzka­pitel. Die der Provinz Krakau übergebenen Klöster wurden dann wieder von der Wiener Provinz verwaltet; die Krakauer Brüder übten gemäß den Satzungen ihre Rechte (aktives und passives Wahlrecht) allein in der Wiener Provinz aus.
Am 1.1.2006 umfasste die Provinz 54 Brüder (davon 19 aus Krakau, 1 aus Südtirol, 1 aus der Schweiz) in fol­genden Niederlassungen: Wien I., Wien-Gatterhölzl, Wiener Neustadt, Wolfsberg, Gmunden, Leibnitz, Klagen­furt, Hartberg, Irdning, Maria Fieberbründl. Die Provinz feierte als Titelfest die Unbefleckte Empfängnis der Jungfrau und Gottesmutter Maria.
Aufgrund der weniger werdenden Brüderzahl wurde die Wiener mit der Nordtiroler Kapuzinerprovinz am 30. Mai 2007 zur Österreichischen Kapuzinerprovinz zusammengeschlossen. Am 10. Mai 2011 erfolgte der Zusammenschluss der Österreichischen Kapuzinerprovinz mit der Kapuzinerprovinz Brixen zur Kapuzinerprovinz Österreich-Südtirol. Am 16.11.2022 wurde die Kapuzinerprovinz Österreich-Südtirol von Generalminister Roberto Genuin aufgehoben. Die Kapuzinerdelegation Tirol mit den Kapuzinerklöstern Feldkirch, Innsbruck, Irdning und Salzburg ist der Deutschen Kapuzinerprovinz, die Kapuzinerdelegation Wien mit den Kapuzinerklöstern Klagenfurt, Leibnitz, Wien und Wiener Neustadt der Kapuzinerprovinz Krakau rechtlich zugeordnet. Die Klöster in Südtirol wurden der Kapuzinerprovinz Triveneto angegliedert