Die Gründung des Ordens der Minderen Brüder Kapuziner, ursprünglich Minderbrüder vom eremitischen Leben genannt, geht auf Reformbestrebungen innerhalb der franziskanischen Orden zurück. Getragen von der Frage, was es heißt, gemäß den Idealen des heiligen Franz von Assisi (1181/82-1226) die Nachfolge Jesu zu leben, entstand mit dem Franziskanerobservanten Mateo de Bascio (1495-…1552) diese Bewegung, deren offizielle Anerkennung durch Papst Clemens VII. (1478-…1534) mit der Bulle Religionis zelus am 3. Juli 1528 erfolgte. Papst Gregor XIII. (1502-…1585) hob 1574 mit Breve die Beschränkung auf, dass sich die Kapuziner nicht über Italien hinaus ausbreiten dürfen.
1582 kamen erstmals Brüder der Kapuzinerprovinz Venedig auf ihrer Durchreise Richtung Polen nach Innsbruck und sprachen bei Erzherzog Ferdinand II. (1529-1595) um eine Klostergründung vor. Erzherzog Ferdinand II. holte auf Wunsch seiner Frau Anna Caterina Gonzaga (1566-…1621) ab 1585 regelmäßig Kapuziner als Fasten- und Gelegenheitspredigerprediger an den Innsbrucker Hof, ehe es 1593 zur Grundsteinlegung für den Bau des Kapuzinerklosters Innsbruck kam. Mit dem Anliegen eine Bastion gegen das Vordringen der Reformation in den Süden zu schaffen, wurden in der Folge die Kapuzinerklöster Salzburg (1596) und Bozen (1599) gegründet. Die große geographische Ausdehnung machte eine Verwaltung dieser Klöster durch die Provinz Venedig schwer, weshalb 1599 das Tiroler Generalkommissariat errichtet wurde. Nach Gründung der Kapuzinerklöster München (1600), Augsburg (1601), Brixen (1603) und Rosenheim (1604) wurde das Generalkommissariat 1605 zur selbständigen Tiroler Kapuzinerprovinz unter dem Titel des Allerheiligsten Sakramentes erhoben.
1668 erstreckte sich die Tiroler Provinz über elf Diözesen. Sie reichte von Neumarkt (Südtirol) im Süden bis Bad Königshofen im Grabfeld (Unterfranken) im Norden, von Neckarsulm (Baden-Württemberg) im Westen bis Ried im Innkreis im Osten. Zu ihr gehörten 43 Ordensniederlassungen und Missionsstationen im Herzogtum Sulzbach, was sich nachteilig auf die Ordensdisziplin auswirkte.
Dies führte 1668 auf dem Provinzkapitel zu München zur Teilung der Tiroler Provinz und zur Neuerrichtung der Bayerischen Provinz, zu der 29 Niederlassungen kamen. Auf Befehl Kaiser Karl VI. (1685-1740) übernahm die Tiroler Provinz die Hospize Tarasp (1716/1717) und Müstair (1733) im Kanton Graubünden in der Schweiz und begann die Engadiner Mission.
Die Regierungszeit Josephs II. (1741-1790) brachte auch der Tiroler Provinz große Verluste. Aufgehobene Klöster (u.a. das Mutterkloster in Innsbruck 1787 – 1802) sowie das staatliche Verbot der Novizenaufnahme schwächten die Provinz erheblich.
Die Nordtiroler Kapuzinerprovinz hatte maßgeblichen Anteil an der Wiederbelebung der Rheinisch-Westfälischen und der Bayerischen Kapuzinerprovinzen, die nach der Säkularisation darniederlagen. War es die Berufung des Tiroler Exprovinzials P. Gabriel Engl (1783-1853) nach Bayern (1833), die zur Rettung der Bayerischen Provinz beitrug, führte die Sendung von vier Tiroler Kapuziner nach Werne (1851) zu einer Neubelebung der Rheinisch-Westfälischen Provinz (1860 stammten 12 der 41 Brüder aus Tirol).
1889/1892 erhielt die Nordtiroler Provinz ein eigenes Missionsgebiet in Indien (die Apostolische Präfektur Bettiah und Nepal), das ihr jedoch nach dem Ersten Weltkrieg 1919 wieder verloren ging. Dafür wurde ihr 1926 die bulgarische Mission im Apostolischen Vikariat Sofia-Philippopel zugewiesen, die dann 1928 an die neue Brixener Provinz übertragen wurde. Die Mission im Engadin wurde ausgedehnt.
Mit Gründung des St. Fidelishauses in Dorf Tirol 1908, von 1911-1926 in St. Ulrich am Pillersee und seither in Fügen im Zillertal, beginnt auf sozialem Gebiet die Arbeit der Provinz auf Ebene des Seraphischen Liebeswerkes.
1928 kam es zur Losreißung der seit dem Ende des Ersten Weltkrieg zu Italien gehörenden Südtiroler Klöster und Einrichtungen der Tiroler Kapuziner und zur Neuerrichtung der Brixener Kapuzinerprovinz. 1933 wurde in der Mandschurei eine selbständige Mission (seit 1940 zur Apostolischen Präfektur Kiamusze erhoben) angenommen, aus der 1954 der letzte Missionar zurückkehrte. Die nationalsozialistische Herrschaft und der Zweite Weltkrieg brachten die Provinz dem Untergang nahe.
Nach dem Krieg erhielt die Provinz die aufgehobenen Klöster wieder zurück. 1948 trat sie Müstair und Valcava an die Brixener Provinz ab. Seit dem Jahre 1615 bestand ein ordenseigenes Philosophie- und Theologiestudium der Provinz. An der ordenseigenen, staatlich anerkannten Theologischen Haus-Lehranstalt der Kapuziner in Innsbruck wurden bis 1968 Studien absolviert.
Im Jahre 1960 stieg die Provinz in die Mitarbeit der Mission der Straßburger Kapuzinerprovinz auf Madagaskar ein. Im Jahre 2005 wurde die General-Vizeprovinz Madagaskar zur selbständigen Provinz Madagaskar erhoben.
Der starke Personalrückgang zwang die Provinz, in den letzten dreißig Jahren zahlreiche Niederlassungen aufzugeben. Zum 1.1.2006 umfasste die Provinz 39 Brüder in folgenden Niederlassungen: Feldkirch-Gauenstein, Fügen, Landeck, Imst, Innsbruck, Salzburg und Ried im Innkreis. 1948 kam zum Titel des Allerheiligsten Sakramentes der Hl. Fidelis von Sigmaringen als Provinzpatron hinzu.
Aufgrund der weniger werdenden Brüderzahl wurde die Wiener mit der Nordtiroler Kapuzinerprovinz am 30. Mai 2007 zur Österreichischen Kapuzinerprovinz zusammengeschlossen. Am 10. Mai 2011 erfolgte der Zusammenschluss der Österreichischen Kapuzinerprovinz mit der Kapuzinerprovinz Brixen zur Kapuzinerprovinz Österreich-Südtirol. Am 16.11.2022 wurde die Kapuzinerprovinz Österreich-Südtirol von Generalminister Roberto Genuin aufgehoben. Die Kapuzinerdelegation Tirol mit den Kapuzinerklöstern Feldkirch, Innsbruck, Irdning und Salzburg ist der Deutschen Kapuzinerprovinz, die Kapuzinerdelegation Wien mit den Kapuzinerklöstern Klagenfurt, Leibnitz, Wien und Wiener Neustadt der Kapuzinerprovinz Krakau rechtlich zugeordnet. Die Klöster in Südtirol wurden der Kapuzinerprovinz Triveneto angegliedert.